Na Roztoczu z uwagi na unikalne wartości przyrodnicze utworzono Roztoczański Park Narodowy. Licznie występują tutaj także rezerwaty oraz parki krajobrazowe. Flora całego regionu jest mocno zróżnicowana. Od zachodu ciągną się lasy liściaste lipowo-grabowe i bukowo-jodłowe. W części środkowej spotkamy licznie występujące bory jodłowe. Z kolei na wschodzie bory sosnowe.

Rzeki przepływające przez Roztocze noclegi przyjmują tu cechy górskich potoków o wartkim nurcie. Wewnętrzne części Roztocza charakteryzuje prawie zupełny brak wód powierzchniowych oraz głębokie zaleganie wód podziemnych.